Desde 2003, en la presidencia de Francisco Flores, iniciaron los pactos de las pandillas con el Gobierno. Así asegura la Fiscalía General de la República (FGR) en las investigaciones contra el diputado Norman Quijano, señalado de asociarse con pandilleros para hacer fraude electoral en las elecciones presidenciales de 2014.
La Fiscalía sostiene que, según el testimonio de un expandillero conocido como Noé, un grupo de políticos llegó al penal de Apanteos (Santa Ana) para negociar disminución de asesinatos a cambio de beneficios a las pandillas en las cárceles. También les recomendaron que cometieran otros delitos para obtener fondos.
Los acuerdos con el Gobierno se cayeron en la presidencia de Elías Antonio Saca, preso por corrupción, luego del traslado de cabecillas a penales de máxima seguridad. Las pandillas volvieron a tener acercamientos con políticos en 2009, cuando ayudaron a ganar la presidencia a Mauricio Funes, del FMLN, prófugo de la justicia.
El nexo político se concretó con la denominada tregua entre pandillas, cuando los delincuentes pactaron con Mauricio Funes disminuir los homicidios a cambio de beneficios penitenciarios, como en 2003. Según la Fiscalía, fue en las negociaciones con el FMLN cuando los pandilleros adquirieron conciencia del poder político que tenían en sus manos y buscaron más conexiones políticas.